Use
ffmpeg -i 1.mkv -filter_complex "[0:a:0]pan=1c[a0];[0:a:1]pan=1c[a1];[a0][a1]amerge=inputs=2[aout]" -map "[aout]" 1.mka
Você precisará do FFmpeg 4.0 ou de um git build depois de 19 de fevereiro de 2018.
Com versões mais antigas, você precisa usar vários comandos para fazer isso
ffmpeg -i 1.mkv -map 0:a:0 -ac 1 a0.wav -map 0:a:1 -ac 1 a1.wav
ffmpeg -i a0.wav -i a1.wav -filter_complex amerge 1.mka