Nem o valor nem o formato personalizado foram corrompidos. Mas editar uma célula de formato de hora não mostra necessariamente o valor formatado personalizado enquanto você está editando. Esse formato personalizado só é aplicado depois que a célula foi editada.
No seu exemplo específico, o formato que está sendo usado quando você edita é hh:mm:ss , portanto, você pode alterar 00:00:08 para 00:00:08.5 e deve ver o valor formatado corretamente após confirmar a edição.
Principalmente, com datas e horas, o que você digita; o valor armazenado; e o valor exibido pode ser diferente. O Excel armazena data / hora como dias e frações de um dia desde 1/1/1900 . Assim, o valor armazenado por 8.4 segundos seria 9.72222E-05 .
Se for mais simples, você pode armazenar nessa célula, por exemplo:
=8.4/86400
Se, em seguida, você quiser alterá-lo para 8,5, a edição exibirá essa fórmula e você poderá alterá-la facilmente para
=8.5/86400
Há 86.400 segundos em um dia

