Você não disse qual a distribuição do Linux que você está usando, mas eu vou em frente e digo que está ok para executar este comando, Se você deseja obter este arquivo quando você faz login no seu ambiente gráfico
echo "source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC" >> /etc/profile
Ou se você quiser usá-lo quando abrir um novo bash shell no terminal
echo "source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC" >> ~/.bashrc
Acabei de ver na sua pergunta que você queria fonte durante um novo shell de terminal, portanto o segundo comando (bashrc) é o que você quer, e o comentário abaixo é verdadeiro, se você tiver problemas com o comando source tente
echo ". /usr/local/gromacs/bin/GMXRC" >> ~/.bashrc
Se você precisar de alguma explicação, apenas faça um comentário e faça o meu melhor para você, espero que funcione, veja você