Isso é estranho. Você pode criar o diretório primeiro e usar a conclusão da tabulação:
C:\> mkdir ~/example
C:\> git clone https://github.com/user/example.git ~/ex<[Tab]>
C:\> git clone https://github.com/user/example.git C:\Users\Josh\example
ou use a variável $ HOME:
C:\> git clone https://github.com/user/example.git $HOME/example