Como sempre: se todas as condições forem as mesmas no lado do software, o culpado deve ser encontrado no lado do hardware.
No nosso caso, a porta USB do hub USB que a impressora estava conectada não estava funcionando corretamente. Usar outra porta próxima a ela "corrigiu" o problema e o PDFToPrinter se comporta agora como esperado.
A maneira correta de depurar esse problema seria excluir problemas de software e, em seguida, substituir todos os componentes de hardware como cabo USB, opcionalmente, um hub USB, se usado, e por último, mas não menos importante, a própria impressora.