Talvez o problema seja que, no novo Nautilus (nota: a questão é sobre o Nautilus, não o Unity Launcher!), o menu Arquivo é quase impossível de encontrar.
No shell do gnome você tem que clicar no nome "File" no painel superior para ter o menu do Nautilus que é chamado File now:
Agora, vá para o favorito e edite-o de acordo com seu desejo.