Isso acontece toda vez que você faz o download de um arquivo ou é apenas de um site específico? Eu sou capaz de baixar um arquivo .torrent, por exemplo, do site do Projeto Fedora e ver a opção ativada (veja a imagem abaixo).
Com base nestes artigos de suporte da Mozilla
It can happen if the website's server incorrectly specifies the Internet Media type of the file. It also can happen if the server assigns "Content-Disposition: attachment" to the file.
Estou usando a versão mais recente do Firefox, que é 16.0.2, e o Deluge, em uma máquina Ubuntu de 12 bits de 64 bits.