Apenas os binários nomeados exatamente python serão considerados quando você digitar python no prompt do shell.
Se você quiser que python execute python3 , a maneira simples de realizar isso é definir uma função ou um alias em seus arquivos de inicialização do shell pessoal.
Você absolutamente não deve fazer python apontar para python3 em todo o sistema porque isso quebrará algumas ferramentas de SO e de terceiros que exigem python para ser Python versão 2. Os dois são idiomas incompatíveis entre si (ou dialetos, se você preferir).
Para revisar o que está acontecendo aqui, quando você digita command no prompt, o shell percorre os diretórios no PATH e procura por um arquivo executável chamado exatamente command em cada, até encontrar um ou fica sem lugares para procurar. Ele simplesmente ignorará todos os arquivos com outros nomes, mesmo se forem semelhantes, como xcommand ou commandante ou command3.xx . Se você tiver um alias ou uma função, isso será usado, embora seu PATH talvez seja consultado para localizar outros comandos chamados pelo seu alias ou função.