Inicie a partir do atalho normal na sua área de trabalho (ou em qualquer lugar). Uma vez carregado, clique com o botão direito do mouse no ícone da barra de tarefas e selecione pin to taskbar.
Se isso não funcionar, execute uma segunda cópia do eclipse enquanto o primeiro ainda está em execução, e faça a mesma opção de pino de clique com botão direito naquele. Eu não tenho certeza exatamente por que isso funciona, mas acontece.