Eles não são o mesmo.
O prompt Alt - F2 irá autocompletar e executar qualquer coisa que esteja na variável de ambiente PATH. Isso significa que, para poder executar seus arquivos em ~/bin , você só precisa configurar a variável PATH em seu arquivo ~/.bashrc , adicionando o caminho ~/bin a ele:
# just add this line to your bashrc
PATH=~/bin:${PATH}
No entanto, a barra de pesquisa que você obtém ao pressionar Super é uma coisa completamente diferente. Para obter uma aplicação mostrando-se lá você deve adicioná-lo ao menu, usando o programa alacarte , confira a explicação nesta pergunta: Adicionando aplicativos personalizados ao lançador do Gnome