O diretório em que residem os arquivos PDF é o diretório atual, pois for files in *.pdf ; ... não especifica um caminho de diretório para os arquivos correspondentes.
O arquivo de saída é formado de "$file" com bash expansion "${file%.pdf}-page1.pdf" , que exclui .pdf do final do nome do arquivo e o substitui por -page1.pdf , de modo que, por exemplo, report.pdf gera o arquivo de saída report-page1.pdf no mesmo diretório.
Você pode preceder um caminho de diretório na cláusula for , por exemplo, for files in SourceDir/*.pdf ; ...
Você pode alterar a string de substituição; ou você pode preceder um diretório, embora a substituição se torne mais complexa se você usar um caminho de diretório na cláusula for .
Você deve ler em Expansão de Parâmetros no manual bash .