Eu tive o mesmo problema (14.04 e Nexus 7 2012 com CM11) Chegou a configurações de armazenamento e toque nos 3 pontos no canto superior direito, agora nas configurações USB. Meu Nexus foi marcado como "Câmera (PTP)".
Depois de mudar para "Dispositivo de Mídia (MTP)" ganhei acesso a todo o sistema de arquivos (não apenas as pastas "DCIM" e "Camera") e copiando arquivos não-media trabalhados (testado com * .7z, * .docx, * .txt e * .exe)