Can someone explain to me how this probably worked with the old company[?]
Por suposição, eles provavelmente usaram um software FTP que permitia que arquivos iniciados com . fossem excluídos dos arquivos de lista retornados pelo servidor.
No entanto (tanto quanto sei) não há nada em qualquer especificação FTP que ordene esse comportamento. Além disso, tenho certeza de que existem pelo menos alguns softwares de servidor FTP que não oferecem nenhuma opção para esse tipo de comportamento.
Mas o Linux ...!
Embora seja possível alterar as permissões de modo a impedir que certos usuários visualizem / interajam com determinados arquivos, dependendo de vários fatores, isso pode causar problemas com os quais o seu provedor talvez não esteja disposto a lidar.
Em suma, quando dizem que é "impossível", do ponto de vista prático, eles podem estar corretos.
Segurança vs. Clutter
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Se você estiver preocupado com a exibição de arquivos "ocultos" por motivos de segurança, talvez seja necessário repensar o layout dos seus sites ou mudar para outro provedor.
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Se for apenas uma questão de desordem, certos clientes FTP (como o FileZilla ) podem filtrar arquivos começando com, por exemplo,
.ou similar.