Você deve se certificar de que seus atalhos ainda apontam para o local correto. Isso pode ser feito clicando com o botão direito do mouse em cada uma delas e nas propriedades de seleção. No campo de localização do link deve ser um local válido, por exemplo ele deve apontar para o .exe do aplicativo específico ou o que você deseja vincular. Você pode copiar o caminho nesse campo até o último \ na barra de endereço do Windows Explorer e ver se o arquivo com o nome fornecido existe nessa pasta.
É claro que você pode criar facilmente novos atalhos na sua área de trabalho se os antigos não funcionarem mais (contanto que você ainda tenha os arquivos originais aos quais deseja vincular). No caso de arquivos regulares, basta clicar com o botão direito do mouse sobre eles e selecionar send to -> Desktop (Create Shortcut) (ou o que estiver escrito em seu idioma) para criar um atalho para esse arquivo na área de trabalho. No caso de aplicativos, você pode pesquisá-los no menu Iniciar do Windows e clicar com o botão direito do mouse neles.
Se isso for sobre aplicativos que não estão mais instalados, você provavelmente precisará instalá-los novamente. Mas para isso, você precisa fornecer informações adicionais sobre o seu problema.