O problema é que os arquivos estão usando o iso-8859-1 que não reconhece os umlauts. A solução mais simples é alterar a codificação dos arquivos:
iconv -f iso-8859-1 -t utf8 document.tex > newdoc.tex
Para fazer isso para todos os arquivos tex em seu diretório atual, execute isto:
for f in *tex; do mv "$f" "$f".bak && iconv -f iso-8859-1 -t utf8 "$f".bak > "$f"; done
O comando acima irá primeiro renomear cada arquivo .tex para filename.tex.bak , então altere a codificação da cópia e salve-a como filename.tex . Portanto, se você tiver um arquivo denominado foo.tex , terminará com um arquivo chamado foo.bak.tex com a codificação original e o foo.tex com a codificação UTF8.
Outro problema que você provavelmente encontrará é que o Windows usa \r\n como uma linha que termina enquanto Linux & amp; co use \n sozinho. Portanto, é provável que você deseje alterar isso ao trabalhar no Linux. Para converter os finais de linha do Windows para o estilo Unix, faça
sed -i 's/\r//g' filename