Quando um cliente SFTP se conecta a um servidor SFTP, a primeira troca de dados ocorrer é para o cliente enviar sua versão do protocolo SFTP para o servidor. O servidor responde com a versão do protocolo SFTP que está disposta a usar para a sessão e, em seguida, o cliente e o servidor procedem de lá.
Você pode ver no seu primeiro exemplo de log que o cliente enviou sua versão para o servidor:
Mar 6 13:52:37 local sftp-server[2120]: received client version 3
Essa linha está faltando na segunda amostra de log. A explicação mais simples para isso é que o cliente nunca a enviou.
Em suma, parece que o cliente SFTP que está sendo usado no segundo caso está com defeito. Não está enviando a mensagem que deve enviar para iniciar a troca do SFTP.