Depende do que você quer realizar: se você quiser suporte a SLI (Nvidia) ou Crossfire (AMD), você terá que verificar muito bem se as placas exatas funcionarão da maneira que você quer (depende principalmente do uso as mesmas GPUs, mas outras restrições também podem ser aplicadas). Algumas perguntas freqüentes sobre o suporte a SLI podem ser encontradas aqui (FAQ sobre GeForce) e here ( FAQ do fórum) . Para o suporte a SLI,
Outra solução (dependendo das cartas que você deseja usar) a julgar por postagens como isso você pode colocá-los em cartões separados e usá-los como cartões dedicados ou cartão PhysX.
Também havia outra solução que ofereceria suporte a SLI / Crossfire com configurações mistas, no entanto, eu não poderia verificar se o programa descrito chegou ao mercado.