Use
ffmpeg -i J:\BDMV\STREAMffmpeg -i J:\BDMV\STREAM%pre%700.m2ts -map 0 -c copy -ss 0:32:52 -t 00:01:00 00700-sample.m2ts
700.m2ts -map 0 -c copy -ss 0:32:52 -t 00:01:00 00700-sample.m2ts
Sem o mapeamento explícito, o ffmpeg seleciona um fluxo de vídeo, áudio e legenda entre todas as entradas.