A partir do seu sistema Ubuntu, tente abrir um terminal (ctrl alt & T), depois use os seguintes comandos para instalar o grub na unidade interna:
sudo grub-install /dev/sdX
sudo update-grub
Substituindo sdX
pela unidade real, que provavelmente será sda
, mas use o utilitário de disco para verificar novamente se não tiver certeza.
Quando o processo terminar, reinicie sem o USB, o grub deve carregar e dar a você a opção de selecionar o Windows ou o Ubuntu.