Existem muitas razões possíveis, mas de longe a mais comum é um disco rígido que está a morrer. Dependendo de seus dados, eu desligaria o computador e o levaria para um especialista (se seus dados são valiosos e não copiados) ou, usando outro PC, baixe um disco de recuperação USB do Linux, então inicialize e verifique se há erros no disco rígido - começando por olhar para os erros do SMAR.T.
Se o HD estiver com defeito, substitua-o e tente recuperar seus dados (ou restaurar a partir do backup). Se o HD estiver OK, verifique o sistema de arquivos em todas as partições.
Se ainda houver problemas, suspeite de um vírus ou outro problema de hardware.