Para quem encontrar isso, nunca encontrei a solução. Tentei tudo que eu conseguia pensar. Verificou as configurações do BIOS AHCI e certificou-se de que as configurações de registro do Windows 10 estavam corretas. Excluiu o MBR completamente e reconstruiu a partir do zero. Executou software de vírus off-line para garantir que o registro de inicialização estava limpo. Nada funcionou.
Acabou de limpar toda a unidade e reinstalar tudo do zero, e tudo está bem. Doloroso.