O VSC não possui seu próprio compilador por digamos. Tudo é feito através de scripts de construção e arquivos de projeto. Eu imagino que você precisa ajustar o editor de código (addin) para apontar para o mesmo local onde você armazena os arquivos de cabeçalho para que ele possa encontrá-los durante a edição. Parece que, se tudo for compilado corretamente, o compilador já poderá encontrar esses arquivos.