Há duas perguntas aqui:
1) Como enviar a saída do grep para um arquivo, não para a tela do terminal?
A opção -o do grep mostra apenas a parte correspondente de qualquer linha. Você está talvez pensando em tipo -o com essa pergunta?
grep 2018-01 mca159.182.txt > newfile.txt
Envia qualquer linha correspondente para o newfile.txt.
2) Como usar o grep para coincidir com os três primeiros caracteres em um arquivo, para várias combinações possíveis possíveis?
grep -E "^954|^213|^909" mca159.182.txt > newfile.txt
Temos que especificar expressões regulares estendidas com -E (ou usar o comando egrep) para poder usar o | símbolo (chamado operador de alternância no manual do grep). O caractere "^" é uma âncora e significa apenas correspondência onde os três caracteres estão no início da linha.