Isso é estranho. Tem certeza de que não instalou completamente o Ubuntu na unidade? A única coisa que posso imaginar é o BIOS. Mantenha pressionada a tecla durante a inicialização do PC, para entrar na página de configuração do BIOS (no meu laptop está F2 , talvez seja Del ou F10 ) e pesquise para "Prioridade de inicialização do dispositivo" ou "Sequência de inicialização". Veja se o seu HDD interno (ou o outro HDD, não a unidade D extra) é colocado em primeiro lugar na inicialização. Se não, mude, salve e reinicie.
Se nenhum dos itens acima funcionar, então alguma outra coisa está acontecendo e sugiro inicializar no BIOS, colocar primeiro o BOOT no DVD e inicializar a partir do DVD do Windows para reparar a instalação.