O disco rígido provavelmente caiu do barramento SATA. Se simplesmente encontrasse um erro e seu sistema de arquivos tivesse remontado somente leitura, você teria recebido um erro diferente - sudo: unable to open /var/lib/sudo/something/something: Read-only filesystem
ou similar.
Quando você reinicializou, sua unidade decidiu jogar bem novamente. Isso pode ser um problema isolado na vida útil causado por um arrotamento de energia ou algo assim, ou pode ser um indicador antecipado de falha iminente da unidade. Verifique os dados SMART na unidade e considere a substituição da unidade.
O tempo de atividade não tem nada a ver com isso. Os sistemas Linux são facilmente capazes de anos de tempo de atividade ininterrupto (embora, na prática, isso significaria uma versão antiga do kernel e, portanto, não deveria ser realmente necessário).