No seu perfil do Firefox, handlers.json determina como os tipos MIME são manipulados. Você pode excluir esse arquivo e o Firefox o recriará ou poderá ser editado para especificar um aplicativo.
Eu não tenho idéia de por que o Firefox tenta abrir arquivos com o Evince, minha área de trabalho é o shell do gnome quando eu corro
xdg-mime query default application/zip
Eu tenho org.gnome.Nautilus.desktop
e Files (aka Nautilus) por padrão usa o FileRoller
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