Você não quer usar a aba Alt + para alternar entre janelas do mesmo tipo. Em vez da aba , use o botão diretamente acima dela, que pode ser diferente entre os layouts do teclado. alt + A opção ButtonAboveTab faz a mesma coisa que a Alt + aba , exceto diretamente entre as janelas daquela aplicação.
Além disso, usando o super + número do item , aparecerá o switcher. Por exemplo, se o Nautilus estiver diretamente abaixo do botão do Ubuntu e você tiver mais do que a janela do Nautilus aberta, pressione super + 1 para focar o Nautilus e depois ver todas as janelas.