Se tudo o que você fez realmente é simplesmente mudar de UEFI para Legacy e vice-versa, isso é realmente estranho.
Parece que você está mais preocupado se perdeu seus dados ou não. Para garantir que tudo está bem (como deveria ser), tente arrancar a partir do seu USB ao vivo. Você pode então verificar o conteúdo do seu disco rígido de lá.
Algumas pesquisas na internet me dizem que, para desabilitar o Secure Boot, você precisa primeiro configurar uma senha de supervisor em seu firmware UEFI. Isso poderia ajudar na inicialização do USB ao vivo. Você geralmente encontra as opções para configurar uma senha e desativa a Inicialização Segura na guia Segurança em seu UEFI.