Você pode evitar esse problema fazendo o particionamento antes da instalação do Windows, que pode ser feito em diskpart
do console (Shift + F10 no Instalador ou no ambiente de recuperação ou você pode fazê-lo com um live CD do Linux usando parted
de fdisk
.
No entanto, é provavelmente uma boa idéia manter o ESP em torno de 256MiB para ser testado futuramente em sistemas multi-boot. Além disso, criaria a partição de recuperação após a partição do Windows, assim você a teria. É, então, trivial excluí-lo depois e redimensionar a partição do Windows.
Se você quiser manter o sistema atual intacto, pode usar o gparted para mover todos os dados ou pode usar o diskclone para copiar todos os dados alocados somente para outro disco ou partição.