Experimente as configurações ou o dconf. Você pode querer alterar org.gnome.gnome-panel.layout.toplevels.top-panel.monitor
e org.gnome.gnome-panel.layout.toplevels.top-panel.orientation
.
Seria algo como:
$ gsettings set org.gnome.gnome-panel.layout.toplevels.top-panel.orientation top
$ gsettings set org.gnome.gnome-panel.layout.toplevels.top-panel.monitor 1