Você pode usar o recurso de execução de macro no MobaXterm.
Crie uma nova sessão através da barra de menu (Sessões - > Nova Sessão) e uma janela será aberta.
Selecione a guia SSH, vá para "Configurações SSH avançadas" e selecione <custom macro> na caixa de combinação "Executar macro no início da sessão (experimental)".