Eu encontrei a causa raiz do problema: Versão.
A versão do GnuCash que usei no Windows 10-machine era 2.6.19
, enquanto a versão que eu usava nas máquinas Linux era 2.6.12
.
Ao utilizar uma nova (er) versão do GnuCash para uma base de dados, o GnuCash atualiza a base de dados para suportar a nova versão e (no meu caso) quebrou o suporte legado para a versão 2.6.12
. Quando baixei o código mais recente e o compilei nas máquinas Linux, tudo funcionou novamente.
Lembre-se de crianças, sempre acompanhe a versão do software que você está usando.