O Windows e os arquivos multi-PEM não são realmente amigos. Se você quiser importar o certificado com uma chave privada associada, precisará converter a chave e o certificado em um PFX.
Se você invertesse e tivesse o certificado primeiro, o MMC provavelmente carregaria o certificado, mas simplesmente ignoraria a chave. Como a chave foi a primeira, provavelmente está reportando "estranho, é PEM, mas não um certificado ..."