Algumas coisas podem estar sendo escritas. O mais provável é o tempo de acesso a arquivos, mas há outros (por exemplo, verificar um sistema de arquivos como feito depois que uma perda de energia inesperada geralmente é gravada nele).
Agora, quanto à corrupção de arquivos, existem três fontes prováveis:
- USB em si. USB é horrível para dispositivos de armazenamento, ponto final. Não é confiável, tem desempenho ruim (mesmo com suporte a UAS e USB 3.1) e tem recuperação de erros absolutamente atroz. Ele é usado para esse tipo de coisa simplesmente porque é fácil e para a maioria das pessoas que supera a confiabilidade. Se você puder encontrar alguma maneira de evitar o uso de USB, tornará as coisas imediatamente mais confiáveis (o eSATA é muito bom para o que vale a pena, e o Thunderbolt é ótimo como uma alternativa). Note que a maior parte disso é resultado de problemas de energia (muitos discos rígidos USB precisam de mais energia do que uma porta USB pode fornecer), ou estranhos controladores host USB (os controladores USB encontrados) na maioria dos computadores, há poucos problemas na maior parte do tempo, desde que a conexão mecânica entre o cabo e a porta seja sólida, mas muitos controladores USB móveis têm gabinetes com bordas estranhas, onde eles não funcionam direito).
- O circuito para controlar o disco. Não existe um disco rígido USB, todos eles são discos rígidos SATA ou IDE conectados a um adaptador USB-para-SATA ou USB-para-IDE, e tais adaptadores são notoriamente problemáticos também, embora algumas marcas sejam melhores do que outros (a ASMedia parece produzir chipsets realmente bons para esses, mas é claro que é difícil descobrir o que o chipset está usando sem comprar você mesmo).
- Problemas reais de mídia. Se é um disco rígido regular, você tem que lidar com quaisquer problemas causados pelo manuseio inadequado. Se é um SSD (ou unidade flash), você tem que lidar com a má retenção de dados (a memória flash não é boa na retenção de dados a longo prazo, na verdade é muito pior do que a mídia magnética tradicional). A menos que você esteja sendo duro com o disco, isso não deve ser um problema tão rápido, mas tenha em mente que apenas descartar um disco rígido tradicional pode ser o suficiente para causar corrupção de dados.
Apesar de tudo isso, você já pensou em procurar serviços de armazenamento na nuvem voltados para empresas em vez de consumidores? Eu não gosto muito da maioria das opções do consumidor (OneDrive, Dropbox, Google Drive, etc) por vários motivos, mas tive bons resultados com o Amazon S3. A configuração inicial pode ser um pouco assustadora, e não é exatamente algo que você pode acessar como um sistema de arquivos, mas com o S3 você pode facilmente acessar seus arquivos de qualquer coisa com um navegador da Web (basta acessar sua conta e baixar os arquivos), e o preço não é tão ruim em alguns centavos por mês para dados que você não está acessando com frequência (estou pagando cerca de 5 dólares por mês por cerca de 50 GB de dados armazenados com duas cópias de cada item).