Tanto bzip2 como gzip funcionam em um único arquivo. Quando esse arquivo é compactado, a versão descompactada é removida. Ao extrair, ocorre o oposto.
Para colocar vários arquivos em um bzip2 archive, primeiro use tar para obtê-los em um arquivo e, em seguida, compacte esse arquivo. Ou, como tar é "zip aware", você pode usar o -j flag para usar a compactação bzip2 ao criar o arquivo tar como uma única etapa.