Use software de terceiros, como a solução AutoHotKey que você já tem
De acordo com o documento da Microsoft Desabilitando os atalhos de teclado do Windows :
To disable keyboard shortcuts
Use Ginastub.dll, set a policy in Group Policy Editor, or write low-level keyboard hooks. You can disable just about any key combination with one of these methods.
Infelizmente, não existem Políticas de Grupo que desabilitam o atalho Ctrl + N no Windows / File Explorer (ou qualquer atalho baseado na tecla Ctrl).
Portanto, você precisa de um software de terceiros que use ganchos de teclado. Eu recomendaria o AutoHotKey, que você confirmou que funciona.