Infelizmente, não há como rolar uma janela inativa. O Windows só pode executar ações em uma (e apenas uma) janela ativa.
Ao clicar com o mouse na janela da página, você faz com que a janela ativa, antes de rolar o texto para baixo. Sua janela do bloco de notas fica inativa durante esse tempo, até que você clique nela novamente.
No entanto: Alt-Tab (win95-win8.1, provavelmente também no win10) pode ser usado para percorrer janelas abertas (embora inativas) para torná-las ativas no lançamento do Alt-Tab Botão Tab. Com apenas duas janelas abertas Alt-Tab , o PgDn, Alt-Tab seria uma alternativa de teclado um pouco viável para as ações do mouse.
Não vejo soluções que envolvam scripts ou programas para realizar isso. Isso significará investigar todas as janelas abertas na área de trabalho e intervir com alguns dos procedimentos básicos de manipulação de janelas e teclado do Windows. Parece muito trabalhoso. Talvez algum especialista me prove que estou errado.
Outra abordagem: Se você pudesse de alguma forma encontrar um bloco de notas online para fazer sua escrita dentro do navegador, então seria apenas uma janela ativa com diferentes abas. Estou pensando em uma janela do navegador de tela dividida vertical com a página da web à esquerda e a página do bloco de notas à direita e as guias acima. Desvantagem: você precisa copiar seus textos on-line para o seu PC.