Tenha certeza de que você absolutamente pode usar o Inkscape em um fluxo de trabalho gráfico profissional - agora para corrigir seus problemas ...
Há uma carga de possíveis explicações para suas observações. Você pode fazer o upload do arquivo .svg para que possamos dar uma olhada?
Martin está certo ao questionar qual visualizador de pdf você está usando. Eu tive arquivos renderizados com falhas por Evince, mas os arquivos foram visualizados e impressos bem em outro lugar.
Um motivo principal seria o estilo de traçado das linhas afetadas - elas são tracejadas ou usam marcadores finais? Eu tive problemas com estes não saída confiável no passado.
Eu também tentaria abrir o arquivo .svg no Scribus e enviar para o pdf a partir daí. Você tem mais configurações de saída, pode lidar com o sangramento e adicionar marcas de impressoras, etc. O Scribus abre arquivos svg nativamente ou você pode 'Importar vetor' em um documento existente do Scribus.
Esta é a versão do Scribus que uso para produzir meus trabalhos prontos para impressão:
ou linha de comando:
sudo apt-get install scribus-ng