No link , gosto da ideia de ter perfis diferentes e importar em cada um deles apenas o certificado que você deseja usar . A questão também fala sobre um parâmetro security.default_personal_cert
.
Caso contrário, você precisará limpar o histórico para garantir que o Firefox solicitará novamente um certificado: link
No entanto, como o Firefox é muito contra o certificado auto-assinado, ele pode relutar em usar um, independentemente do que você faça.