I want the minecraft server to be port forwarded independently on a different DNS domain.
Como apontado por @grawity, o encaminhamento de porta é independente do DNS / domínios, incluindo o DNS dinâmico.
Tecnicamente, tudo que o DNS faz é mapear um nome de domínio para um endereço IP. Não contém nenhuma informação de porta. Isso significa que você pode ter 1 ou 100 domínios apontando para seu IP público e todos eles podem enviar tráfego para as mesmas portas. Isso inclui se você estiver usando alguns recursos adicionais de um determinado serviço da Web para redirecionar as portas para um domínio que ele manipula.
I want to keep the existing dyndns.com DNS with it's servers, and port forward the minecraft server on a new DNS domain which would only contain the minecraft server.
Tudo o que você precisa fazer é configurar o segundo serviço de maneira semelhante à primeira (direcione-o para seu endereço IP público, supondo que nenhum ISP NAT esteja envolvido). Se você precisar ajustar o roteamento de portas para esse serviço por meio de sua interface da Web, conforme observado, isso não deve interferir nos serviços do primeiro domínio. Se seu encaminhamento de porta for feito em seu roteador, simplesmente encaminhe as portas corretas.
My router only allows multiple DNS servers for IVP6, but my network runs on IPV4. Also, the multiple DNS servers on IPV6 would contain all of the servers, with no option to split servers between DNS services.
Esse bit ainda me confunde um pouco, mas não acredito que isso seja um problema. Acredito que o roteador tenha uma interface para manter automaticamente seu IP público em sincronia com seu domínio DNS dinâmico. Embora seja verdade que você não poderia usar isso com um segundo domínio, ele não deveria ser um fator decisivo. Para manter o IP do servidor Minecraft atualizado, você pode executar o cliente DNS dinâmico normal no próprio servidor ou (pior cenário) manter o IP atualizado manualmente se ele for alterado.