Nenhuma operação de disco que converta sistemas de arquivos pode ser considerada segura. A maioria funciona na maior parte do tempo, mas histórias de horror são abundantes. Você precisa fazer backup de qualquer coisa que esteja preocupado em perder antes de prosseguir.
Ainda pior, embora funcione, o suporte a NTFS para Linux não é grande - acredito que tenha sido feito engenharia reversa, e as duas principais soluções Linux perdem alguma funcionalidade.