Para remover indicadores desnecessários do Indicador de Mensagens, você pode:
a) Exclua ou mova itens de /usr/share/indicators/messages/applications/
(sudo é necessário).
b) Modo não-destrutivo: crie links simbólicos para cada item indesejado na pasta da lista negra ~/.config/indicators/messages/applications-blacklist/
(você deve criá-lo previamente se estiver ausente). Por exemplo, para remover o Gwibber (cliente do Twitter), você deve executar no terminal:
ln -s /usr/share/indicators/messages/applications/gwibber.indicator ~/.config/indicators/messages/applications-blacklist/gwibber.indicator