Ao definir a cor no menu Debug, você só está definindo as cores para essa sessão. As cores do ConEmu são controladas a partir de Configurações ( Win+Alt+P ) - > Recursos - > Cores.
Para manter cores separadas para processos separados, crie uma nova tarefa ( Win+Alt+T ) que use -new_console opções .
Uma modificação do primeiro exemplo da documentação acima, em que "Palette" é o nome do seu palete:
powershell.exe -new_console:P:"Palette"