Pode ser uma questão de permissões. Vá na partição do Windows e verifique se as pastas estão protegidas e quem pode ver. Você pode adicionar "todos" à lista daqueles que podem acessar os arquivos. (Arquivo, Propriedades, Compartilhamento / Segurança)
Você também pode tentar verificar se consegue acessar arquivos no Ubuntu como root:
- Pressione Alt + F2
- Digite nautilus gksu