O resultado final foi um controlador SATA zapped que continuava fazendo com que os discos rígidos fizessem coisas malucas, desde BSODs, falhas no teste S.M.A.R.T na inicialização e longos desligamentos.
Eu tentei reinstalar com três discos rígidos diferentes, dois SSD e um disco rígido comum. Todos eles tinham o mesmo comportamento errático.
Eu já havia enviado o SSD para a Samsung para testes explicando que ele estava falhando no teste S.M.A.R.T e não inicializando. Antes de voltar, pedi uma nova placa-mãe e recompilei meu PC.
Quando a unidade retornou da Samsung, todos os testes de S.M.A.R.T passaram e a unidade estava em bom estado. Eu instalei o sistema operacional e meus programas novamente e não tenho problemas nos últimos 8 meses.