É impossível dizer com certeza as informações fornecidas, mas parece-me que o problema está no disco, e não na CPU.
Eu afirmo que quando você está fazendo estas operações o sistema está lendo o disco, que é relativamente lento - especialmente comparado ao SSD.
Existem algumas coisas para analisar -
Se o seu sistema tiver uma luz no disco rígido, verifique se ele continua solidamente quando as lentidões ocorrerem.
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Existe um disco rígido no sistema e está falhando. Você pode obter uma indicação da informação S.M.A.R.T no disco.
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Quanta memória você tem e quantos programas abertos? Você pode encontrar o seu. o sistema está usando o disco como memória (troca), o que atrasa bastante as coisas.
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Fragmentação de disco e / ou disco quase cheio - podem reduzir drasticamente a velocidade do disco e aumentar os problemas de IO. Desfragmentar o disco reduzirá o problema.