Depende do aplicativo, mas a maioria dos clientes VPN rotearia seu tráfego pela VPN.
Você pode confirmar esse comportamento digitando "meu ip" no google quando não estiver conectado à VPN e depois de se conectar à VPN. Se mudar, é mais provável que o tráfego da Internet esteja passando pela VPN da empresa e, portanto, possa ser rastreado.