Coloque seus arquivos de configuração em /etc/skel .
As configurações do tema da janela estão localizadas em /home/YourUsername/.gconf/desktop/gnome/shell/windows/%gconf.xml , então você copia o arquivo de configurações para /etc/skel/.gconf/desktop/gnome/shell/windows/%gconf.xml .
Depois, você faz o mesmo com .gconf/desktop/gnome/interface/%gconf.xml , onde as configurações do tema do ícone e do tema gtk são armazenadas.
Você pode fazer isso com todas as configurações da sua pasta pessoal.