Converter partições NTFS para ext4 - Como copiar os dados?

Question

Eu queria converter minha partição D:\ com todos os meus dados de NTFS para ext4 e a Internet me disse que eu deveria fazer o seguinte:

1. Encolher todas as partições para um tamanho mínimo
2. Fazer backup dos meus dados (feito clonando a partição no GParted)
3. Formate a partição para ext4 (ainda não concluído, mas não tão difícil)
4. Copie o backup para a unidade
5. Excluir backup e aumentar todas as partições

E eu não sei como fazer parte 4. Posso realmente copiar uma unidade inteira como faria para pastas? Existem ferramentas especializadas nisso? Como posso garantir que não perca nenhuma pasta oculta pelo sistema ou por links simbólicos, etc.? Eu tenho um pendrive USB Ubuntu para trabalhar se isso for importante.