Acredito que o que você está dizendo é que, se você abrir o arquivo no notepad ++, ele mostrará várias linhas, mas se você abri-lo com o bloco de notas padrão do Windows, será apenas uma linha, correto?
O que você está experimentando é como o Windows espera que uma quebra de linha seja formatada. O Windows está esperando um caractere de retorno de carro (CR) seguido por um caractere de alimentação de linha (LF). Linux, Solaris e Mac estão usando apenas o caractere de alimentação de linha (LF) para uma nova linha. Você provavelmente tem um arquivo originalmente criado em um desses sistemas operacionais. O Notepad ++ detectará automaticamente o formato usado no arquivo e o mostrará corretamente, mas o bloco de notas do Windows não.
Para "corrigir" isso, abra o arquivo no notepad ++, vá para Editar > Conversão EOL e selecione "Windows (CR LF)". Em seguida, salve o arquivo e abra-o novamente no bloco de notas do Windows. Agora você deve ver as quebras de linha.